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He creado un archivo con varias páginas y con la Herramienta mover al pulsar sobre la imagen selecciona la capa superior que contenga píxeles (tengo marcada la casilla Auto-Select y el menu de Capa (No Grupo).
Si pulso sobre un area con píxeles de una capa oculta no selecciona ninguna (en la imagen adjunta, he pulsado en el lado derecho que contiene pixeles de la capa 2 oculta). No veo donde está el problema.
También puedes usar (yo lo prefiero) el botón derecho que muestra un menú de las capas con píxeles bajo el cursor, y así escoger entre varias, no la superior. Si ocultas varias capas, no aparecen como disponibles.