lunatictripさん、こんにちは
書き出し設定はソースと一緒だし問題ないように思えますね～。
書き出し設定画面で
・プリセットを「HD1080p 29.97」その他に変えてみる
・「最高レンダリング品質を使用」にチェック入れる
・VBR2passのままターゲットビットレートを上げる
などで切り分けしてみてはどうでしょうか！？
とくにプリセットはプリセットに過ぎないのでどんな素材でも万能という訳ではないようなんですよねぇ。
結果よければすべてよし…と思って色々プリセットを変更して（書き出す時にソース範囲を指定するとテスト書き出しは短くできます！）切り分けしてみてはどうでしょう。
お役に立てれば幸いです